Le fleuve est alimenté par les eaux des Grands Lacs, qui forment le plus grand bassin d’eau douce du monde ! À cela s’ajoutent les eaux de nombreuses autres rivières, petites et grandes.

Le long de son parcours, on trouve trois étendues d’eau assez grandes pour être considérées comme des lacs : le lac Saint-François, le lac Saint-Louis et le lac Saint-Pierre. Il s'agit de lacs fluviaux.

Le Saint-Laurent est aussi parsemé de 600 îles et archipels.